まとめ精算テーブルの作成ですが、
運航スケジュールテーブルの主キーの航路番号、出発年月日を持つのはわかるのですが、
まとめ精算テーブルでも主キーにする必要があるのでしょうか？

「運航スケジュールごとのまとめ精算番号で一意に識別する」とありますが
「まとめ精算番号で一意に識別する」
→まとめ精算番号が主キー
「運航スケジュールごとの」
→運航スケジュール（航路番号、出発年月日）はあくまで情報として欲しい項目
という意味かと読み取ってしまいました。

まとめ精算テーブルで航路番号、出発年月日を主キーとしたときと外部キーとしたときとでどのような違いがあるのかイメージがわかず
航路番号、出発年月日も主キーとしなければならない理由を教えていただけないでしょうか？

問題冊子P.25「(8)船内施設  フェリーの船内には……施設があり、フェリーごとの施設コードで識別している。」
↓
船内施設 ( フェリー番号PK, 施設コードPK, 施設名）

という例も登場しており、この試験でお約束の言い回しなのかもしれません。
学級ごとの出席番号、みたいなものだと思います。

  乗船客からまとめ精算を参照する際に、航路番号01出発年月日2022-03-15(まとめ精算番号002)を選択するつもりで、航路番号01出発年月日2022-03-14(まとめ精算番号001)を間違えて選択してしまったとしても、エラーにならない。 
  また、まとめ精算の航路番号,出発年月日の書き換えが可能になってしまう。例えば、まとめ精算番号002の出発年月日2022-03-15を2022-03-16に書き換えてしまったとしても、エラーにならない。