表3の分析用SQLについてわからないところがあります。
A2では商品と店舗売上の結合をサロゲートキー（商品番号）で結合しているのに対し
A3では商品と店舗売上の結合を商品コードで結合しています。
この違いは一体何が考えられるのでしょうか。

商品番号はユニークなので1件ですが、商品コードは複数レコードになります。そのためA2で商品コードでJOINさせると売上が複数になってしまいます。
A3では最新の商品分類で集計させたいために、商品コードでJOINさせてから商品の登録日が最新のものの商品分類番号を導き出しているためだと思います。